Ha escrito y dirigido diez largometrajes, el último de los cuales, Un año una noche (2022) se ha estrenado en la sección oficial del Festival Internacional de Berlín.
Su película anterior, Entre dos aguas (2018), le supuso su segunda Concha de Oro en el Festival Internacional de Cine de San Sebastián y los premios a la mejor película y mejor actor en el Festival de Cine del Mar del Plata, el Fotogramas de Plata a la mejor película española del año, así como siete premios Gaudí, incluyendo mejor película en lengua no catalana y mejor director.
En 2018 el Centro Georges Pompidou de París dedicó una retrospectiva completa a su obra, así como el libro "Le cinéma d'Isaki Lacuesta" (Brice Castanon y Sergi Ramos, ed).
Sus películas se han proyectado en festivales de todo el mundo y en centros de arte como el MoMA de New York, el Lincoln Center, el Anthology Film Archives (New York) o el CCCB.